Secuenciación del genoma del virus SARS-CoV-2 para el seguimiento y manejo de la epidemia del Covid-19 en Andalucía y la generación rápida de biomarcadores pronósticos y de respuesta a tratamiento

Las diferencias en la expansión, la gravedad de los síntomas, la mortalidad y otras características de la COVID-19 son debidas a una combinación de factores epidemiológicos, aunque es de esperar que la genética del virus juegue un papel muy importante, que aún es completamente desconocido.

Un consorcio, compuesto por 14 hospitales que cubren todas las provincias de Andalucía, los 5 Institutos de Investigación Sanitaria de Andalucía, la Subdirección Técnica de Gestión de la Información, la Dirección General de Salud Pública (Servicio de Vigilancia Epidemiológica y Salud Laboral) y la Fundación Progreso y Salud, pretende usar la red de centros de diagnóstico de la comunidad Andaluza y los secuenciadores de los Institutos de investigación Sanitaria y centros asociados para secuenciar unas 1.000 muestras del virus SARS-CoV-2 cubriendo toda Andalucía y representado una muestra lo más equilibrada posible de las distintas tipologías de pacientes (edad, sexo, complicaciones previas, tratamientos previos), así como los distintos cuadros clínicos observados y las respuestas a los tratamientos.

Los datos genómicos asociados a estos datos clínicos, que pueden ser enriquecidos con información de la Base Poblacional de Salud, serán utilizados para obtener biomarcadores diagnósticos y pronósticos de forma rápida.


Además, serán utilizados para hacer un seguimiento epidemiológico de la enfermedad en tiempo real.

Y finalmente permitirán el desarrollo de un recurso informático de Big Data genómico y clínico para la realización de futuros proyectos de investigación. El proyecto permitirá demostrar la utilidad de la secuenciación genómica del virus como una herramienta de aplicación traslacional en tiempo real para esta epidemia y otras venideras.

Proyecto

Antecedentes

Antecedentes y experiencia internacional Debido a la reducción de sus costes y a su accesibilidad por parte de los hospitales [...]

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Hipótesis y objetivos

Las diferencias en la propagación, la incidencia, la sintomatología y la respuesta a los fármacos pueden tener que ver con la genética del virus [...]

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Mapa epidemiológico

Mapa epidemiológico de SARS-COV-2 en Andalucia mediante uso de Nextstrain

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Resultados

Aquí se mostrarán los resultados del proyecto.

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Contacto

Clinical Bioinformatics Area, Fundación Progreso y Salud.

Edificio C.D.C.A.. Hospital Universitario Virgen del Rocío Avenida Manuel Siurot s/n,

41013 Sevilla, Spain



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